培养德、智、体全面发展，掌握本学科坚实的基础理论和系统的专业知识，具有创新精神、创新能力和从事科学研究、教学、管理等工作能力的高层次学术型专门人才以及具有较强解决实际问题的能力、能够承担专业技术或管理工作、具有良好职业素养的高层次应用型专门人才。
本年度拟招收硕士生5500名左右(含推荐免试生)，录取时将视生源状况和学校发展需要适当调整招生名额，最终招生总人数以教育部正式下达的招生计划文件为准。
(一)临床医学/口腔医学硕士专业学位原则上招生对象为符合医师资格考试报考条件规定专业的应届或往届本科毕业生。对于已经获得住院医师规范化培训合格证书人员原则上不得报考临床医学硕士专业学位研究生。为贯彻落实教育部等六部门《关于医教协同深化临床医学人才培养改革的意见》(教研[2014]2号)精神，促进专业学位研究生教育与住院医师规范化培训制度有机衔接，复旦大学临床医学/口腔医学专业学位硕士研究生教育于2016年起与上海市住院医师规范化培训全面结合，具有硕士研究生和住院医师双重身份，接受高校、培训医院管理，相关福利待遇详见上海市卫生和计划生育委员会官网。其临床培养将按照国家统一制定的住院医师规范化培训标准内容进行培训并考核，合格的临床医学/口腔医学硕士专业学位研究生，可取得4证，即硕士研究生毕业证书和相应的医学硕士专业学位证书、医师资格证书、住院医师规范化培训合格证书。
(二)本校自命题综合考试内容：(1)卫生综合：环境卫生学、职业卫生与职业医学、流行病学、医用统计方法、营养与食品卫生学;(2)药学基础：有机化学、无机化学、生物化学、物理化学、分析化学;(3)药学综合：药物化学、药剂学、药物分析学、药理学、药事法规;(4)生物学综合：细胞生物学、遗传学，生物化学、分子生物学、生理学;(5)生物医工综合：数字电子技术基础、数据结构、模拟电子技术基础、C程序设计;(6)卫生管理综合：医用统计方法、社会医学、卫生事业管理学;(7)口腔综合：口腔组织病理学、口腔解剖生理学，口腔颌面外科学，牙体牙髓学，牙周学，口腔修复学;(8)护理综合：护理学基础、内科护理学、外科护理学;(9)基础医学综合：生理学，生物化学与分子生物学，医学微生物学，病理生理学，病理学;(10)临床医学综合：生理学，生物化学，内科学(含诊断)，外科学;(11)中西医综合：中医基础理论(不考针灸部分)、中药学、方剂学、诊断学基础、中西医结合内科学。
